Nếu ngành sản xuất trong nước bị thua thiệt trong cạnh tranh với hàng ngoại nhập thì tỷ lệ thất nghiệp do mất việc làm sẽ tăng lên cũng như sự suy giảm thu nhập từ các loại thuế khác có thể ảnh hưởng nghiêm trọng tới một bộ phận kinh tế nào đó của quốc gia. Các thuế suất thuế nhập khẩu bảo hộ được sử dụng như là biện pháp để chống lại khả năng này. Tuy nhiên, thuế quan bảo hộ cũng có các điểm yếu. Đáng chú ý nhất trong số các điểm yếu này là nó làm tăng giá của hàng hóa phải chịu thuế, gây bất lợi cho người tiêu dùng mặt hàng này hay cho các nhà sản xuất sử dụng mặt hàng đó vào việc sản xuất các mặt hàng khác. Chẳng hạn, việc đánh thuế nhập khẩu đối với lương thực, thực phẩm có thể gia tăng đói nghèo, trong khi việc đánh thuế lên thép có thể làm ngành sản xuất ô tô kém cạnh tranh hơn. Nó cũng có thể phản tác dụng nếu (các) quốc gia mà thương mại của họ bị thua sút do việc một quốc gia X nào đó áp thuế cao đối với hàng xuất khẩu của họ cũng áp thuế cao ngược trở lại đối với các mặt hàng xuất khẩu của quốc gia X, kết quả là một cuộc chiến thương mại và nó làm cho cả hai bên đều thua thiệt.

Các phê phán về tự do thương mại cho rằng thuế nhập khẩu là đặc biệt quan trọng cho các quốc gia đang phát triển như là một nguồn thu nhập chủ yếu. Các quốc gia đang phát triển thường chưa xây dựng được các thiết chế đủ mạnh để có thể đánh và thu đầy đủ các loại thuế như thuế thu nhập cá nhân cũng như thuế doanh thu hay thuế VAT. Trong so sánh với các dạng đánh thuế khác, thuế xuất-nhập khẩu thường là dễ thu hơn. Xu hướng dỡ bỏ thuế quan và xúc tiến tự do thương mại cũng bị cho là có ảnh hưởng tiêu cực tới các quốc gia đang phát triển do các quốc gia này gặp nhiều khó khăn hơn trong việc thay thế thuế quan bằng các nguồn thu khác, khi so với các quốc gia đã phát triển.